A principal causa da poluição dos rios e Lagos e a grande quantidade de resíduos, contidos em esgotos domésticos e industriais, lançados neles constantemente.
Também as subsistências químicas que são libertados pelas industrias dentro dos mares. Se algumas delas forem venenosas podem causarem doenças e ate morte de alguns animais aquáticas.
Também estas subsistências podem afectar outros mamíferos como:aves e insectos que vivem perto.
Contribui para a contaminação da água dos rios e Lagos a defecação e deposição de dejectos humanos na água. Muitos destes dejectos acabam por chegar ao mar sem tratamento, contaminado também dos mares.
NB: Em Moçambique muitos rios e mares sofrem a poluição por causa do garimpo, irrigação dos Campos agrícola através de adubos, pesca e acção do homem.
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